Analysis of Oligonucleotide Triplets for Classification of Cyanobacteria

การวิเคราะห์รูปแบบนิวคลีโอไทด์ 3 ตัว (Oligonucleotide Triplets) ในการจำแนกชนิดของไซยาโนแบคทีเรีย

Name: Thitima Panyayai

Name: ธิติมา แผ่นยาใหญ่

keyword: Cyanobacterial Oligonucleotide Triplets

Abstract: Cyanobacteria or blue-green algae have diverse morphology and habitats. The algae are extensively used in products such as human health, animal feed, pharmaceuticals and cosmetics due to the presence of high proportion of proteins, polysaccharides, vitamins and essential fatty acids. In spite of their widely uses, their classification still poses questions among researchers. Murata et al. (1992) proposed a new classification based on the position and number of double bond in fatty acid produced by the bacteria. This work attempted to investigate the relation between the patterns of the double bond and the nucleotide patterns in 16s rRNA. Among the II organisms used in the study, 13 oligonucleotide triplets (31.7%) showed similar classification as Murata's. Anabaena (group2) was, however, always clustered with Gloeobaeter violaeeus PCC 7421, which contradicted to Murata's results. In another part of the work, the ratios of oligonucleotide triplets among 4 genes (16s rRNA, epeA, epeB and desC) from four cynobacteria species were calculated and used as similarity indices among the bacteria. The results revealed that there were two types of useful oligonucleotide triplets: the first type could divided the 4 groups of bacteria (based on Murata's results) equally into 2 sets, while the other type of oligonucleotide triplets separated one from the rest three groups. Combination of two triplets from the first type or the first and the second type could be used to divide the bacteria into 4 groups as Murata's classification.

Abstract: ไซยาโนแบคทีเรียเป็นกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่มีความสามารถหลากหลายในรูปร่างและแหล่งที่อยู่อาศัยทำให้เกิด ปัญหาการจัดกลุ่มด้วยวีธีที่ใช้ตามปกติ การใช้รูปแบบของนิวคลีโอไทด์ในการจัดกลุ่มเป็นการใช้ ความถี่ของรหัสพันธุกรรมของสิ่งมีชีวิตนั้นๆจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตได้ ที่ผ่านมา Murata และคณะ (1992) ได้ จัดกลุ่มไซยาโนแบคทีเรียตามจำนวนและตำแหน่งของพันธะคู่ในกรดไขมันของสายไฮโดรคาร์บอน ที่มี 16 คาร์บอนและ 18 คาร์บอนออกเป็น 4 กลุ่ม ในการศึกษานี้โดยวิเคราะห์ยีน 16s rRNAจากไซยา โนแบคทีเรีย 11 ชนิดพบมี oligonucleotide triplets 13 แบบ จาก 41 แบบคิดเป็น 31.7% ที่ใช้จัดกลุ่ม ไซยาโนแบคทีเรียได้เหมือนกับการจัดกลุ่มของ Murata และคณะ แต่สิ่งที่น่าสนใจคือ oligonucleotide triplets 21 แบบคิดเป็น 51.2% แสดงรูปแบบการจัดกลุ่มที่ต่างจาก Murata และคณะ คือ Anabaena variabilis ATCC 29413 ซึ่งเป็นสมาชิกกลุ่ม 2 แต่ในการศึกษาครั้งนี้มักถูกจัดควบคู่ ไปกับกลุ่ม 1 Gloeobacters violaceus PCC 7421 และในการวิเคราะห์ยีนเพิ่มเติม 4 ยีนได้แก่ 16s rRNA, cpcA, cpcB และ desC จากไซยาโนแบคทีเรีย 4 ชนิด ผลการวิเคราะห์พบว่ามี oligonucleotide triplets 2 ลักษณะที่สามารถใช้ในการจัดกลุ่มได้ ซึ่ง oligonucleotide triplets แบบที่ 1 จัดกลุ่มไซยา โนแบคทีเรียออกเป็นสองกลุ่มกลุ่มละ 2 ชนิด ในขณะที่แบบที่ 2 แยกแบคทีเรียชนิดหนึ่งออกจาก 3 ชนิดที่เหลือ oligonucleotide triplets ที่สามารถจัดกลุ่มได้นั้นพบ oligonucleotide triplets ที่ใช้ได้ 2 ยีนจากยีนทั้งหมด 4 ยีนที่วิเคราะห์ แต่อย่างไรก็ตามจากการศึกษาและการทดลองพบ oligonucleotide triplets ที่สามารถจัดกลุ่มไซยาโนแบคทีเรียได้

King Mongkut's University of Technology Thonburi. KMUTT Library

Address: BANGKOK

Email: info.lib@mail.kmutt.ac.th

Name: Wiwat Ruenglertpanyakul

Role: Advisor

Created: 2009

Modified: 2011-05-17

Issued: 2011-04-27

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: BIF70

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Bioinformatics

Grantor: King Mongkut's University of Technology Thonburi

©copyrights King Mongkut's University of Technology Thonburi

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	BIF 70.pdf	3.92 MB	73	2026-05-26 18:16:01
2	BIF 70ab(I).pdf	22.35 KB	42	2026-05-26 18:16:01
3	BIF 70ab(II).pdf	19.06 KB	35	2026-05-26 18:16:01

ใช้เวลา

0.04013 วินาที