A Design and Development of Clustering Tool Using Gene Expression and Upstream Sequence Data

การออกแบบและพัฒนาเครื่องมือการจัดกลุ่มยีนโดยใช้ข้อมูลการแสดงออกของยีนและข้อมูลลำดับเบสส่วนหน้าของยีน

Name: Watwiboon Praemongkol

Name: วัฒน์วิบูลย์ แพรมงคล

keyword: Gene Clustering

Abstract: Nowadays microarray technology plays an important role in biotechnological researches such as studying in gene function, gene regulatory networks and drug discovery. The data from microarray are the gene expression in whole cell that these data lead us to understand biological processes in the cell better. Gene expression data usually manage by using gene clustering, which is based on similarity of pattern of gene expression data. The result of clustering gene using gene expression data generates the clusters of genes that are not specific with individually biological problems. These tools look around similarity of gene expression. If the researches have a specific problem such as researchers would like to study in the interested metabolism. Clustering with gene expression cannot retrieve as the outstanding genes in specific metabolism. Another limitation is that gene expression data are hard to tell us that those genes correspond to associate genes. Gene expression data is very noisy and the similarity of gene expression is not a strong indicator of associated genes. Therefore other biological data was integrated to cluster genes', The biological data that we chose was upstream sequence data because the upstream sequence is the region that regulates the biological processes. Naive Bayes classification was used to cluster 2 biological data that will then be overlapped to result in clusters with more confined the members of genes in a specific problem.

Abstract: เทคโนโลยีไมโครอาเรย์ได้มีบทบาทในงานวิจัยทางด้านเทคโนโลยีชีวภาพในปัจจุบันเป็นอย่างมากไม่ ว่าจะเป็นในด้านการศึกษาหน้าที่ของยีน (Gene function) การศึกษาโครงข่ายการควบคุมการ แสดงออกของยีน (Gene regulatory networks) และ การค้นหายาใหม่ เป็นต้น ข้อมูลที่ได้จากไมโครอา เรย์นั้นเป็นข้อมูลของการแสดงออกของยีน (Gene expression data) ทั้งหมดภายในเซลล์ ซึ่งข้อมูล ดังกล่าวจะสามารถนำเราไปสู่ความเข้าใจการทำงานระดับของเซลล์ภายในสิ่งแวดล้อมที่นักชีววิทยา ต้องการศึกษา โดยการจัดการข้อมูลของการแสดงออกของยีนนั้นโดยทั่วไปแล้วจะทำการจัดกลุ่มของ ยีนเข้าด้วยกันโดยดูเพียงความคล้ายคลึงของรูปแบบของการแสดงออกของยีน ซึ่งผลจากการจัดกลุ่ม นั้นจะไม่มีการเจาะจงลงไปในปัญหาที่มีความแตกต่างกัน หากนักวิจัยมีปัญหาที่เฉพาะเจาะจงที่ต้อง การที่จะศึกษา เช่นต้องการเพียงกลุ่มยีนในเมตาบอริซึมที่เฉพาะ การจัดกลุ่มด้วยข้อมูลการแสดงออก ของยีนอาจไม่สามารถแสดงกลุ่มยีนเหล่านั้นให้เด่นชัดขึ้นมา ในเมตาบอริซึมที่เราสนใจข้อจำกัดอีก ประการหนึ่งคือ ข้อมูลการแสดงออกของยีนมักเกิดการรบกวนจากสิ่งแวดล้อมและการแสดงออกของ ยีนที่มีรูปกแบบคล้ายคลึงกันก็เป็นตัวบ่งชี้ที่ไม่ชัดแจนที่จะสรุปได้ว่ายีนเหล่านี้นควรจะอยู่ในกลุ่มเดียว กัน ด้วยเหตุผลทั้งหมดนี้เราจึงทำการเพิ่มข้อมูลทางชีววิทยาตัวอื่นๆ ลงไปร่วมกับข้อมูลการแสดงออก ของยีนน่าจะทำให้การจัดกลุ่มของยีนให้ผลที่ถูกจำกัดในกลุ่มยีนที่ต้องการจะศึกษา โดยข้อมูลที่นำมา เพิ่มนั้นก็คือข้อมูลลำดับเบสส่วนหน้าของยีน (Upstream sequences data) ซึ่งเป็นส่วนควบคุมการแสดง ออกของยีน โดยเชื่อว่าหากยีนที่มีส่วนหน้าของยีนที่คล้ายคลึงกัน ก็น่าที่จะถูกแสดงออกในระบบของ เมตาบอลิซึมเดียวกัน การจัดกลุ่มแบบนาอีฟเย์ (Naive Bayes classification) ถูกนำมาใช้ในการจัดกลุ่ม ของ 2 ชุดข้อมูล และนำผลจากการจัดกลุ่มของทั้ง 2 ชุดข้อมูลมาซ้อนทับกัน (Overlapping algorithm) โดยจะทำให้ผลหลังการทับซ้อนของข้อมูลถูกจำกัด

King Mongkut's University of Technology Thonburi. KMUTT Library

Address: BANGKOK

Email: info.lib@mail.kmutt.ac.th

Name: Anan Tongta

Role: Advisors

Created: 2004

Modified: 2012-03-21

Issued: 2012-02-24

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: BIF7

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Bioinformatics

Grantor: King Mongkut's University of Technology Thonburi

©copyrights King Mongkut's University of Technology Thonburi

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	BIF7.pdf	3.64 MB	4	2019-12-01 20:53:38
2	BIF7ab.pdf	45.7 KB	2	2016-06-08 18:33:17

ใช้เวลา

0.041383 วินาที