วิวัฒนาการระดับโมเลกุลของไมโทคอนเดรียลจีโนมปลากลุ่ม Echeneoidea (Perciformes: Carangoidei: Echeneidae, Rachycentridae, และ Coryphaenidae)

Molecular Evolution of Echeneoidea (Perciformes: Carangoidei: Echeneidae, Rachycentridae, and Coryphaenidae) Mitochondrial Genome

Name: จิดาภา มุสิกะ

Name: Jidapa Musika

keyword: Molecular evolution Research

Classification :.LCCS: QL622.5 J61 2014

; ปลาทะเล

Abstract: ปลากลุ่ม Echeneoidea ประกอบด้วยปลาทะเลเขตร้อนสามวงศ์ ได้แก่ Echeneidae (เหาฉลาม) Coryphaenidae (อีโต้มอญ) และ Rachycentridae (ปลาช่อนทะเล) ไมโทคอนเดรียลจีโนมที่สมบูรณ์ของ Echeneis naucrates (16,611 คู่เบส) Coryphaena hippurus (16,637 คู่เบส) และ Rachycentron canadum (18,008 คู่เบส) ตีพิมพ์เผยแพร่ในฐานข้อมูล NCBI ซึ่งมีหมายเลขอ้างอิง KF021242, KF814117 และ KC782765) ตามลำดับ แต่ละไมโทคอนเดรียลจีโนมประกอบด้วยจีนที่ถอดและแปลรหัสให้โปรตีน 13 จีน ไรโบโซมอลอาร์เอ็นเอ (rRNA) 2 จีน ทรานสเฟอร์อาร์เอ็นเอ (tRNA) 22 จีน และบริเวณควบคุม (D-loop) 1 ตำแหน่ง ซึ่งมีการจัดเรียงลำดับจีนตามแบบฉบับของปลากระดูกแข็ง บริเวณควบคุมของปลาเหาฉลามปรากฏส่วนที่เกี่ยวข้องกับการสิ้นสุดกระบวนการจำลองตัวเอง (TASs) ส่วนที่มีการอนุรักษ์ (CSBs) และมีส่วนลำดับเบสซ้ำสั้นๆ (tandem repeats) เพียงสองสำเนา ในขณะที่บริเวณควบคุมของปลาอีโต้มอญและปลาช่อนทะเลมีส่วนลำดับเบสซ้ำจำนวนหลายสำเนา และพบส่วนที่มีการอนุรักษ์ TASs เพียงบางส่วน การที่บริเวณควบคุมของปลาเหาฉลามมีส่วนลำดับเบสซ้ำจำนวนน้อยอาจจะเป็นผลมาจากการคัดเลือกของจีโนมขนาดเล็ก การคัดเลือกเพื่ออนุรักษ์ (purifying selection) เกิดขึ้นในจีนที่ถอดและแปลรหัสให้โปรตีนทั้ง 13 จีนในไมโทคอนเดรียลจีโนม แต่ในสายวิวัฒนาการที่นำไปสู่ปลาอีโต้มอญและปลาช่อนทะเลพบว่าอัตราส่วน ω (dN/dS) มีค่าสูงขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในจีน ND3 และ ND4L อย่างไรก็ตามการวิเคราะห์ด้วย branch-site model ชี้ให้เห็นว่าการสะสมการเปลี่ยนแปลงแบบ nonsynnonymous ที่พบ ไม่ได้เป็นผลมาจากการคัดเลือกเชิงบวก (positive selection) แต่อาจเกิดการผ่อนคลายของการคัดเลือก (relaxed functional constraint)

Abstract: Echeneoidea comprises three families of tropical/subtropical marine fishes: Echeneidae (remora), Coryphaenidae (dolphinfish), and Rachycentridae (cobia). Herein the complete mitochondrial genomes of Echeneis naucrates (16,611 bp), Coryphaena hippurus (16,637 bp) and Rachycentron canadum (18,008 bp) are published in the NCBI database (accession numbers KF021242, KF814117, and KC782765, respectively). Each mitochondrial genome contains 13 protein-coding genes, 2 rRNAs, 22 tRNAs, and 1 control region (D-loop) with a typical arrangement of teleost mitochondrial genomes. The E. naucrates control region shows termination-associated sequences (TASs), conserved sequence blocks (CSBs) and two copies of a tandem repeat, whereas the C. hippurus and the R. canadum control regions show numerous copies of short tandem repeats with a few TASs. The low copy number of tandem repeats in the E. naucrates control region may be a result of a selective advantage of smaller genomes. A purifying selection acts on all 13 protein-coding genes of Echeneoidea mitochondrial genomes, but the lineage leading to C. hippurus + R. canadum shows elevated ω (dN/dS) ratios, especially in ND3 and ND4L. However, the branch-site model analyses indicated that the accumulated nonsynnonymous changes observed are not a result of positive selections, but rather due to relaxed functional constraints.

WALAILAK UNIVERSITY. CENTER FOR LIBRARY RESOURCES AND EDUCATIONAL MEDIA

Address: NAKON SI THAMMARAT

Email: clm@wu.ac.th

Name: Jidapa Musika

Created: 2559

Modified: 2559-06-17

Issued: 2559-06-17

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: QL622.5 J61 2014

tha

DegreeName: Master of Science (Ecology and Biodiversity)

Level: Master's Degree

Descipline: Ecology and Biodiversity

Grantor: Walailak University

©copyrights มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	Front page.pdf	3.1 MB	7	2019-07-11 10:01:47
2	Abstract.pdf	180.02 KB	8	2019-07-11 10:02:09
3	Chapter 1.docx	39.74 KB	4	2018-06-07 11:11:58
4	Chapter 2.pdf	771.16 KB	6	2018-06-07 11:11:59
5	Chapter 3.docx	445.83 KB	6	2018-06-07 11:12:02
6	Chapter 4.pdf	798.79 KB	6	2018-06-07 11:12:04
7	Chapter 5.pdf	114.57 KB	6	2018-06-07 11:12:05
8	Chapter 6.pdf	25.43 KB	3	2018-06-07 11:12:05
9	Bibliography.pdf	152.81 KB	7	2018-06-07 11:12:06
10	Appendix.pdf	1.03 MB	7	2018-06-07 11:12:06
11	CV.pdf	76.32 KB	4	2018-06-07 11:12:07

ใช้เวลา

0.066331 วินาที