Molecular characterization of Leptospira species isolates in Thailand

การจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อเลปโตสไปราในประเทศไทยโดยเทคนิคอณูชีววิทยา

Name: Piyada Wangroongsarb

LCSH: Molecular microbiology

MeSH: Leptospira

MeSH: Lipopolysaccharides

MeSH: Open Reading Frames

MeSH: Polymerase Chain Reaction

MeSH: Polymorphism, Restriction Fragment Length

Abstract: Attempts have been made to develop a molecular system for differentiation of Leptospira spp. LPS (O-antigen) is a key antigen involved in serogroup typing. These studies employed the 16SrRNA gene and the orf14 gene from the rfb locus that has a putative role as O-Ag polymerase. PCR-RFLP and direct sequencing of PCR products were performed on the two targets, 16SrRNA gene and orf14. These two target genes were aimed to characterize unknown leptospiral isolates, in comparison to leptospiral reference strains. The result of 16SrRNA PCR-RFLP digested with HinfI and HpaII and the result of orf14 PCR-RFLP digested with AluI and DraI were computed by Gene tool and Gene directory software (Syngene Co.Ltd.) and the binary data were reanalyzed with PHYLIP 3.6 program (2001). The outcome of orf14 PCR-RFLP revealed distinguishing patterns which can differentiate individual Leptospira serovars better than when using 16SrRNA PCR-RFLP. Orf14 PCR-RFLP for differentiation of Leptospira spp. is a fast technique and requires small amounts of genomic DNA. It is suitable for some slow-growing and fastidious leptospiral isolates which yield a small amount of cell mass. However, there was limited discrimination power of the RFLP pattern due to the limited restriction enzyme sites which could not cut the PCR products. The 16SrRNA sequences can differentiate species, and it was found that most human and rat isolated cultures related to Leptospira interrogans and Leptospira kirschneri could not be related to any reference strains. Orf14 sequencing data could be used to catagorize leptospiral strains into 3 types, i.e. Interrogans, Hardjo and Bataviae types and it could be applied as another target gene for molecular typing of Leptospira spp.

Abstract: การพัฒนาทางอณูชีววิทยาเพื่อใช้ในการจำแนกสายพันธุ์เลปโตสไปรานั้นได้พบว่าแอน ติเจนที่สำคัญของเลปโตสไปราคือไลโปโพลีแซคคาไรด์โดยเฉพาะO-antigenที่เกี่ยวข้องกับการจำ แนก serogroup การศึกษา 16SrRNAและorf14 ยีนที่อยู่ใน rfb locus ซึ่งมีหน้าที่เป็น O-Ag polymerase การศึกษาทั้งสองยีนนี้ใช้วิธี PCR-RFLPและหาลำดับเบสจาก PCR product เชื้อที่ เพาะเลี้ยงจากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วยและไตของหนูจะนำมาศึกษาเปรียบเทียบกับเชื้อเลปโตสไปรา มาตราฐาน ผลการศึกษาของ16SrRNA PCR-RFLP ตัดด้วยเอ็มไซม์ HinfI, HpaII และ orf14 PCR-RFLP ตัดด้วยเอ็มไซม์ AluI, DraI นำมาคำนวณด้วยโปรแกรม Gene tool และ Gene directory (Syngene Co.Ltd.) และbinary data มาคำนวณโดยใช้โปรแกรม PHYLIP 3.6 (2001) การศึกษาพบว่าผลของวิธี orf14 PCR-RFLPใช้จำแนกความแตกต่างของเชื้อเลปโตสไป ราได้ดีกว่าวิธี 16SrRNA PCR-RFLP เนื่องจากวิธี PCR-RFLPเป็นเทคนิคที่ง่ายใช้ DNA น้อย เหมาะสำหรับเชื้อที่เจริญเติบโตช้าและการเพาะเลี้ยงเชื้อที่ค่อนข้างยากแต่ก็ยังมีข้อจำกัดเรื่องคุณสม บัติของเอ็มไซม์ สำหรับผลของการหาลำดับเบส16SrRNAยีนสามารถจำแนกสปีชีส์เชื้อเลปโตส ไปราโดยส่วนใหญ่เชื้อที่เพาะเลี้ยงจากผู้ป่วยและหนูมีความสัมพันธ์กับ Leptospira interrogans, Leptospira kirschneri ส่วนผลการศึกษาหาลำดับเบส orf14 ยีนนั้นพบว่าสามารถจำแนกเชื้อเลป โตสไปราออกเป็น 3 กลุ่ม คือ Interrogans, Hardjo และ Bataviae type orf14 ยีนเป็นทางเลือก ที่ใช้ในการจำแนกเชื้อเลปโตสไปราโดยเทคนิคทางอณูชีววิทยา

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Thareerat Kalambaheti

Role: Thesis Advisors

Created: 2006

Modified: 2553-06-23

Issued: 2010-06-08

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

CallNumber: TH P694m 2006

eng

DegreeName: Doctor of Philosophy

Level: Doctoral Degree

Descipline: Tropical Medicine

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4537227.pdf	2.26 MB	15	2021-03-18 12:55:55

ใช้เวลา

0.401464 วินาที