Host genetic polymorphisms in HIV-1 infected cases and healthy donors as determined by restriction fragment length polymorphism ‪(RFLP)‬

การศึกษาความหลากหลายของยีนบนเซลล์ของผู้ติดเชื้อเอชไอวีและผู้ไม่ติดเชื้อโดยวิธี restriction fragment length polymorphism ‪(RFLP)‬

Name: Phanida Phaknilrat

MeSH: Disease Progression

MeSH: HIV-1

MeSH: Polymorphism (Genetics)

MeSH: Polymorphism, Restriction Fragment Length

MeSH: Receptors, Chemokine

Abstract: The objectives of this study were: 1) to determine the genetic distribution and mutation allele frequency of CCR5-m303, CCR2-64I, and SDF1-3′A in HIV-1 seropositive and seronegative healthy donors; 2) to compare the genetic allele frequency in HIV-1 subjects based on CD4+ T cell counts and disease progression; 3) to established the multiplex PCR technique for the simultaneous detection of three genetic polymorphisms for CCR5-m303, CCR2-64I, and SDF1-3′A. In order to determine the host genotype distribution and mutant allele frequency of CCR5-m303, CCR2-64I, and SDF1-3′A polymorphisms on chemokine receptors in Thai subjects, genomic DNA were extracted from 93 HIV-1 seronegative blood donors and 93 HIV-1 seropositive subjects using the QIAamp DNA blood kit. All samples were tested for these three genes by polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) using restriction enzymes. No CCR5-m303 allele was detected in these Thai samples. HIV-1 infected and HIV-1 uninfected subjects exhibited no significant differences (p>0.05, χ2) in CCR2 genotypes and CCR2-64I allele frequencies. The SDF1-3′ A allele frequency was lower in HIV-1 infected than in HIV-1 uninfected subjects (p=0.05, χ2). A higher number of the HIV-1 uninfected subjects than the HIV-1 infected subjects were found to be of the SDF1-3′A/ 3′A genotype. No significant differences in CCR2 and SDF1 genotypes distribution and mutant allele frequencies were observed as regards the CD4 status of HIV-1 seropositive subjects (p> 0.05, χ2). Genotype distribution and mutant allele frequencies of these three genetic polymorphisms were considered as to speed of disease progression. No significant differences were seen in CCR2-64I and SDF1-3′A allele frequencies between the 17 members of slower progressor group (those in whom the disease developed slowly) and 14 members of the rapid progressor group (p>0.05, Fischer’s exact test). There was a higher frequency in the SDF1-3′A/ 3′A genotype in the slower progressors than in the rapid progressors, but it was not statistically significant (p= >0.05, Fischer’s exact test). Furthermore, a multiplex PCR-RFLP assay for the simultaneous determination of these three polymorphisms correlated (with 100% concordant results) to that of the conventional PCR-RFLP in 30 selected samples from HIV-1 seropositive subjects with different levels of CD4+T cells. Therefore, the multiplex PCR assay may be quick tool for the determination of these polymorphisms in large field research.

Abstract: วัตถุประสงค์ในการศึกษาคือ: 1) เพื่อตัดสินการกระจายตัวและความหลากหลายของยีนซึ่งเป็นรหัสสำ หรับตำ แหน่งที่รับของ chemokine ชนิด CCR5-m303, CCR2-64I และ SDF1-3′A ในผู้ติดเชื้อเอชไอวีและผู้บริจาคเลือดที่ไม่ติดเชื้อเอชไอวี; 2) เพื่อ เปรียบเทียบการกระจายตัวและความหลากหลายของยีนเหล่านี้ในผู้ติดเชื้อเอชไอวีซึ่งมีระดับCD4+ T cell counts และ การดำ เนิน โรคแตกต่างกัน; 3) เพื่อพัฒนาวิธี Multiplex PCR สำ หรับใช้ในการศึกษาความหลากหลายของยีนทั้ง 3 ชนิดนี้พร้อมกันในหลอด เดียว งานวิจัยนี้เป็นการศึกษาความเกี่ยวข้องของการกระจายตัวและความหลากหลายของยีนซึ่งเป็นรหัสสำ หรับตำ แหน่งที่รับของ chemokine ชนิด CCR5-m303, CCR2-64I, และ SDF1-3′Aในผู้ติดเชื้อและผู้บริจาคเลือดที่ไม่ติดเชื้อเอชไอวีจำ นวนอย่างละ 93 ราย โดยสกัด DNA ด้วยวิธี QIAamp DNA blood kit แล้วนำ มาศึกษายีนทั้ง 3 ชนิดด้วยวิธี POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) และ RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (RFLP) โดยตัดด้วยเอนไซม์ จำ เพาะ ผลการศึกษาไม่พบ CCR5-m303 allele ในตัวอย่างคนไทยที่ทำ การศึกษาในครั้งนี้ และไม่พบความแตกต่างในการกระจาย ตัวของยีนCCR2 และความถี่ของยีนCCR2-64I ระหว่างผู้ติดเชื้อและไม่ติดเชื้อเอชไอวี (p>0.05, χ2) อย่างไรก็ตาม ความถี่ของ SDF1-3′Aในผู้ติดเชื้อตํ่ากว่าผู้ไม่ติดเชื้อ (p=0.05, χ2) และมีแนวโน้มที่จะพบความผิดปกติของยีนชนิด SDF1-3′A/3′A ในผู้ไม่ ติดเชื้อได้มากกว่าในผู้ติดเชื้อ นอกจากนี้ในผู้ติดเชื้อที่มีระดับ CD4 + lymphocyteแตกต่างกันไม่พบความแตกต่างในการกระจายตัว ของยีน CCR2, SDF1 และความถี่ของ CCR2-64I และ SDF1-3′A (p>0.05, χ2) ในการศึกษานี้ได้เปรียบเทียบการกกระจายตัวและความถี่ของยีนทั้ง 3 ชนิดนี้ เพื่อหาความสัมพันธ์กับการดำ เนินโรค ไม่พบว่ามี ความแตกต่างในด้านความถี่ของยีน CCR2-64I และ SDF1-3′A ระหว่างผู้ที่มีการดำ เนินโรคช้าจำ นวน 12 คนกับผู้ติดเชื้อที่มีการ ดำ เนินโรคเร็วจำ นวน 9 คน (p>0.05, Fischer’s exact test) อย่างไรก็ตามมีแนวโน้มที่จะพบยีนที่ผิดปกติชนิด SDF1-3′A/3′Aใน ผู้ติดเชื้อที่มีการดำ เนินโรคช้ามากกว่าในผู้ติดเชื้อที่มีการดำ เนินโรคเร็วแต่ไม่มีความแตกต่างทางสถิติ (p>0.05, Fischer’s exact test) นอกจากนี้ยังได้พัฒนาวิธี PCR แบบ multiplex ซึ่งตรวจหายีน 3 ชนิดนี้พร้อมกันในหลอดเดียวแล้วจึงวิเคราะห์ยีนที่ตรวจพบ ด้วยวิธี RFLP ซึ่งพบว่าวิธี multiplex PCRให้ผลสอดคล้อง100% กับผลที่ได้จากการศึกษานี้ด้วยวิธี conventional PCR การ ศึกษานี้ทำ ในตัวอย่างตรวจที่ได้จากผู้ติดเชื้อที่มีระดับของ CD4+ T cells แตกต่างกัน ดังนั้นการนำ วิธี multiplex PCR-RFLP น่า จะช่วยในการศึกษาความหลากหลายของยีนทั้ง 3 ชนิดนี้เมื่อมีตัวอย่างจำ นวนมาก ซึ่งจะให้ผลรวดเร็วและประหยัดค่าใช้จ่ายได้เป็น อย่างดีต่อไป

Mahidol University

Address: NAKHON PATHOM

Email: liwww@mahidol.ac.th

Name: Suda Louisirirotchanakul

Role: Thesis Advisors

Created: 2003

Modified: 2553-03-09

Issued: 2010-01-22

วิทยานิพนธ์/Thesis

application/pdf

ISBN: 9740437265

CallNumber: TH P535h 2003

eng

DegreeName: Master of Science

Level: Master's Degree

Descipline: Microbiology

Grantor: Mahidol University

©copyrights Mahidol University

ลำดับที่.	ชื่อแฟ้มข้อมูล	ขนาดแฟ้มข้อมูล	จำนวนเข้าถึง	วัน-เวลาเข้าถึงล่าสุด
1	4337128.pdf	1.17 MB	14	2020-07-19 14:43:58

ใช้เวลา

0.252983 วินาที